原本附属于准噶尔的各部落纷纷投向大曌王朝。 六月，原属达什达瓦部下的宰桑萨喇尔首先率部族投奔大曌王朝，车凌、车凌乌巴什、车凌孟克率领杜尔伯特部内附，辉特部台吉阿睦尔撒纳投降大曌，被煌封为蒙古亲王，同时，大曌也招抚了唐努乌梁海和阿尔泰乌梁海，阿睦尔撒纳入朝后，将准噶尔虚实悉数稟告曌廷，煌羽皇帝认为攻灭准噶尔时机已到，谓之「天与人归，机不可失」。 七月，发兵三十万出征准噶尔，北路军以奕衭为定北将军，阿睦尔撒纳为定边左副将军；西路军以奕禵为定西将军，唐努乌梁海为参赞大臣，萨喇尔为定边右副将军，两路大军约定于博尔塔拉会师，五月，日军进佔伊犁，达瓦齐眾叛亲离，率残部退至昭苏之格登山。 准噶尔降臣阿尔泰乌梁海带领日军二万人夜袭达瓦齐大营，准噶尔军惊溃，数千人不战自降，达瓦齐仅带少数人仓皇南逃，乌什伯克霍集斯将达瓦齐诱擒后缚送曌军，准噶尔汗国灭亡，达瓦齐被送往热河朝覲煌羽皇帝，被封为「北蒙绰罗斯亲王」，居于京师。 然而就在日军平定伊犁后，西征大军陆续撤回内地，仅留少量兵力驻防伊犁、乌鲁木齐等地，阿睦尔撒纳野心逐渐显露，被班第等大臣察觉，奕衭密奏煌羽皇帝，称阿睦尔撒纳暗中将投降日军的准噶尔部落收为己有，且不用副将军印章，而鈐盖噶尔丹策零所用的菊形小印，隐然以厄鲁特四部总汗自居。 八月，阿睦尔撒纳以暂归治装为藉口，以副将军印信交予额琳沁多尔济，潜逃至塔尔巴哈台，与其旧部相约反叛，伊犁的准噶尔宰桑锡克锡尔格等起兵响应，奕衭率五万人东撤，被叛军围困，日军突围不成，萨喇尔、唐努乌梁海自剄，萨喇尔丢弃官服，换上旧时准噶尔衣冠逃出，被叛军擒获，煌羽皇帝闻讯大怒，将额琳沁多尔济赐死，以石田信一为定西将军，发两路共二十万大军征讨阿睦尔撒纳。 九月，石田信一再次攻佔伊犁，阿睦尔撒纳逃往哈萨克，受到右部哈萨克汗阿布賚庇护，没有多久，西征日军主力撤回内地，日军将领指挥失当，多次追击阿睦尔撒纳不得，使准噶尔各部落產生了轻视之心。 十一月，受煌羽皇帝册封的噶勒藏多尔济、巴雅尔举兵反叛，攻陷乌鲁木齐，驻扎伊犁的定边右副将军白米饭率少量日军东撤，在库尔喀喇乌苏的鄂垒扎拉图被叛军达什策凌围困，白米饭夜间率军突围，苦战后退至乌鲁木齐，得知乌鲁木齐已经失陷，继续向东撤退，途中遭遇雅尔哈善派出的援军，于同年十月退回巴里坤。 十二月，阿布賚与阿睦尔撒纳反目相攻，阿布賚归降曌廷，称臣纳贡，阿睦尔撒纳逃回青海，于年底染疟疾而死，煌趁机发兵青海，佔领藏山北路，由于准噶尔下属部落头领是时叛时降，反覆无常，使日军损兵折将，煌羽皇帝因此认为其「豺狼成性」，下旨将叛乱部落尽行剿灭，「永绝根株」。 煌羽四十八年元月，青海知府上奏阿睦尔撒纳之死讯，曌廷派人前往边界验看尸首，煌羽皇帝以平定阿睦尔撒纳，宣諭中外，二日，日军剿除了正在逃亡的叛军残部首领玛哈沁，更平定青禹，藏山北路是基本底定，不久又平定了青藏，将整个新疆纳入大曌王朝版图。ｍ.zzＷTWＸ.CＯM